元泰定二年（1325），轩辕庙西院保生宫发生火灾，庙宇建筑被毁。泰定皇帝也孙铁木耳降旨严责，令地方官严办破坏陵庙者。这道圣旨被刻石立碑，至今仍存放在轩辕庙东侧的碑廊内，是现存最早的一份保护黄帝陵庙敕令。

元至正元年（1341），元惠宗降旨，重修轩辕庙西侧被大火焚毁的保生宫。从残留的绘图纸上可以看出，重新修复的保生宫是按蒙古族建筑风格设计施工的。下边为三孔窑洞式过厅，上悬三间四角微翘的瓦房。红檐绿柱，青砖灰瓦，简朴大方，庄重肃立。与此同时，还对整个黄帝陵园又进行了较大规模的整修。